Die Sportanlagen an der Saale wurden durch das Hochwasser im Mai/Juni 2013 erheblich beschädigt. In einer Solidaritätsaktion auf nationaler und europäischer Ebene wurden erhebliche Mittel in Hilfsfonds zur Verfügung gestellt, um die Flutschäden zu beseitigen. Allein im Freistaat Thüringen wurden 355 Millionen Euro Fluthilfen bewilligt. Zur Sanierung des Universitätssportzentrums in Jena standen knapp 3,5 Millionen Euro Wiederaufbauhilfen bereit. Die Flut hatte damals neben vielen anderen Schäden das Bootshaus so stark beschädigt, dass ein Neubau erforderlich wurde. Auch das Hauptgebäude des Vereins war durchfeuchtet und zwei stark beschädigte Tennisplätze wurden an anderer Stelle neu errichtet. Der USV Jena nutzte die Sanierung zugleich, um die Anlagen kostengünstig zu erweitern. Der Verein investierte dazu zusätzlich 750.000 Euro, die zur Hälfte durch das Sportministerium gefördert wurden. So konnten zum Beispiel zwei zusätzliche Beachvolleyballfelder, ein Veranstaltungsplatz und Bewegungsflächen mit Outdoor-Fitness-Elementen entstehen.
„Der USV Jena treibt nicht nur Sport als körperliches Training. In seinem Leitbild beschreibt der Verein sich zusätzlich auch als Integrationsmotor, der kulturelle und gesellschaftliche Grenzen spielerisch überwindet“, lobte heute Baustaatsekretär Dr. Klaus Sühl die Arbeit des Universitätssportvereins Jena e.V.. Der Staatssekretär nahm gemeinsam mit dem Präsidenten des USV Jena, Prof. Dr. Christian Lukas, und der Leiterin Hochschulsport der FSU Jena, Dr. Andrea Altmann, die Eröffnung des neuen Universitätssportzentrums in der Jenaer Oberaue vor.
„Wenn der Sport nicht nur der körperlichen Ertüchtigung und der Förderung der Gesundheit dient, sondern auch gegenseitigen Respekt und Toleranz vermittelt, dann sind die 4,2 Millionen Euro in die Sanierung und Erweiterung des Universitätssportzentrum gut angelegtes Geld“, so Sühl weiter.